圣方济各教堂是圣马力诺最古老、最富艺术性的建筑，位于首都圣方济各门右侧，建于14世纪，这座小教堂的建筑形式类似澳门一般教堂的巴罗克式建筑。教堂的外墙为白色，椭圆形窗户及一座钟楼，教堂前有一座纪念碑，以纪念当地1910年战胜海盗一役。教堂正门上方悬一石匾，刻有公元1361年1月动工兴建等字样和一只头戴王冠、展翅欲飞的雄鹰浮雕，其旁还有一戴冕头像的浮雕。
教堂的主祭台上，有十分珍贵的14世纪木刻耶稣像和建于1405年小巧而精美的古钟楼。在带有拱顶的回廊上有14、15世纪的仪仗十字架，13世纪的圣骨匣及其他宗教器物、墓碑、壁画和各个时期的绘画。圣方济各教堂还曾是圣马力诺学社的旧址，培育出过一批知名的神职人员，如今它又成为圣马力诺的旅游胜地，吸引着世界各地的游客。